Samkvæmt reglugerð nr. 1040/2011 skal hver grunnskóli setja sér skólareglur með skýrum viðbrögðum við brotum á reglunum, að úrræði og viðbrögð stuðli að jákvæðri hegðun og miði að því að rækta persónuþorska og hæfni nemenda.
Skólareglur varða allt skólasamfélagið, þ.e. starfsfólk skólans og stjórn hans, nemendur og foreldra. Skólareglur eru settar í samráði við skólaráð og leitast er við að ná sem víðtækastri sátt um þær. Á hverju ári eru skólareglur kynntar nemendum og foreldrum þeirra og þær eru birtar á vef skólans. Umsjónarkennarar fjalla um reglurnar, þýðingu þeirra og hlutverk með nemendum eins oft og þurfa þykir. Í skólareglum er kveðið á um almenna umgengni, samskipti, háttsemi, stundvísi, ástundun náms, hollustu og heilbrigðar lífsvenjur, ábyrgð og skyldur. Skólareglur Njarðvíkurskóla er að finna með því að smella hér.
Njarðvíkurskóli starfar eftir agastefnunni „Heildstæður stuðningur við jákvæða hegðun“ (PBS -Positive Behavior Support) þar sem einkunnarorðin eru Virðing – Ábyrgð – Vinsemd. Unnið er eftir skilgreindum væntingum um rétta hegðun og umgengni á öllum svæðum skólans sem eru settar upp í reglufylki. Nemendur fara með kennurum í gegnum hvert svæði skólans og þeim er sýnt og kennt hvers er vænst af þeim á hverjum stað, kennsla í væntingum. Verkefnið er reglulega metið með þarfagreiningu meðal starfsmanna sem og skráningargögnum úr Mentor er safnað og þau notuð til ákvarðanatöku í virku eftirliti á svæðum skólans. Helstu einkenni stuðnings við jákvæða hegðun eru kennsla á væntingum, nemendur fá hrósmiða sem þeir safna saman í fyrir fram ákveðna umbun með bekknum og svo fara allir starfsmenn eftir agaferli þar sem agabrot eru flokkuð eftir vægi og viðbrögð allra starfsmanna eiga að vera eins. Þegar nemendur sýna óæskilega hegðun er reynt að leiðrétta þá hegðun, minna á regluna, gefa umhugsunartíma og/eða valmöguleika á lausn. Nánari upplýsingar um PBS er að finna með því að smella hérna.